En 1941 se celebraron grandes fiestas en el cincuentenario del Club, 50 años de intensa y generosa gestión deportiva y social. Cincuenta años que consagran definitivamente un ideal deportivo y un destino popular. Peñarol colocó una hermosa estela de granito y bronce con la contribución del Arq. Scasso y el escultor Pena en la plazuela de Villa Peñarol, que por decreto municipal se denomina Plazuela Club Atlético Peñarol, y recuerda el momento inicial de su trayectoria.

Después de bregar 50 años, Peñarol había impuesto el deporte en nuestra colectividad, no sólo el fútbol, ya que Isabelino Gradín brilló en el atletismo, sus equipos de básquetbol se consagraron campeones federales, y en el ciclismo alcanzamos las más grandes victorias.

El comienzo de esta década en el ámbito futbolístico no fue muy bueno ya que tuvimos que esperar hasta 1944 para levantar la Copa Uruguaya y la Copa de Honor. El año 1944 quedará marcado por la voluntad popular, que levantó al Club de la crisis con sus asambleas, y más allá de ellas, en la calle, en la oficina, en el hogar, impone la marcha de la institución, dinamiza su evolución, mantiene el espíritu democrático y mantiene alta la antorcha de los triunfos.

En 1945 nuevamente se gana la Copa Uruguaya sacándole 6 puntos de ventaja al tradicional rival y también se gana la Copa de Honor. Este equipo lentamente sería la base que desembocaría en el equipo del año 1949, uno de los mejores de todas las épocas de Peñarol.

En el año 1945 el Consejo presidido por el Dr. C. Turturiello con la colaboración de Julio V. Canessa y E. Alliaum encaró la realización de obras, la compra para un campo de concentración deportiva y la programación de una sede deportiva y social bajo la denominación de Palacio Peñarol. Se adquirió una chacra: Los Aromos, situada en un camino lateral en el km. 23 de Camino Maldonado, pintoresco predio arbolado, para concentración de jugadores con cancha de fútbol.

En el año 1948 Peñarol realizó una interesante experiencia sobre táctica de fútbol y contrató en Inglaterra, por intermedio de la Embajada Inglesa, al entrenador inglés Randolph Galloway, como Director Técnico y entrenador de los equipos. Esa experiencia fue frustrada porque ese año, a mediados de la temporada, se produjo la huelga de los jugadores, la cuarta crisis del fútbol, suspendiéndose el certamen de la Copa Uruguaya en la en la iniciación de la segunda rueda. La huelga fue levantada en abril de 1949.

En 1949 aparecerá uno de los más grandes equipos que formará Peñarol, en particular, por su letal delantera y su orden colectivo e individual, en la maestría coordinadora de Schiaffino, en la pujanza de Míguez, en el espíritu de realización de Hohberg y la complementación técnica y táctica de dos brillantes punteros: Vidal y Ghiggia. Esta delantera fue llamada “La Escuadrilla de la Muerte” y el equipo en su totalidad fue “La máquina del 49”.

La Escuadrilla de la Muerte: Alcides Ghiggia, Juan Edgardo Hohberg, Oscar Míguez, Juan A. Schiaffino y Ernesto Vidal.

Este equipo logró la Copa Uruguaya, la Copa Competencia y la Copa de Honor, las tres en carácter de invicto. Pero a todos los hinchas de Peñarol nos marcará porque fue el equipo que hizo que el rival de todas las horas se niegue a jugar un segundo tiempo para evitar una goleada histórica. Será recordado por todos cada 9 de Octubre como “El Clásico de la Fuga”.

La década cierra con Uruguay Campeón del Mundo en 1950 contra Brasil en el mismísimo Maracaná. La base de este triunfo histórico está constituida por 9 piezas fundamentales pertenecientes al Club Atlético Peñarol. Esta victoria fue el triunfo más importante de la Selección Uruguaya y fue gracias al aporte de Peñarol con sus jugadores y su ideologías porque esa final se ganó “A lo Peñarol”.

Copas Ganadas en la década 1941-1950:

• Copa Uruguaya AUF: 1944, 1945, 1949.
• Copa Río de la Plata – Dr. Ricardo Aldao: 1940, 1942, 1946.
• Campeonato Competencia: 1941, 1943, 1946, 1947, 1949.
• Campeonato de Honor: 1944, 1945, 1949, 1950.

Otras Copas o Torneos Amistosos:

• Copa Bodas de Oro: 1941.
• Copa Cto. Triangular Capoulicán: 1943.
• Copa Escobar-Gerona: 1943.
• Copa Ministerio de RREE 1942.
• Copa Pablo Perazzo: 1944.
• Copa Massuti y Martínez: 1944.
• Copa Raúl y Alfredo Montans: 1944.