El jugador de 20 años arregló su continuidad en el equipo Campeón del Siglo. Jugará su segundo año en el Club.

Su temporada en Peñarol

En su primer año con el carbonero jugó 37 partidos (2613′ minutos), convirtió 2 goles y asistió 4 veces. Logró consagrarse campeón de la Supercopa y del Campeonato Uruguayo siendo titular en ambas finales clásicas.

Mejor gol del campeonato

En la fecha 11 del Torneo Apertura 2018, Canobbio marcó el mejor gol del Campeonato Uruguayo  ante Rampla Juniors.

El Gol: En el primer minuto del partido, el árbitro Gustavo Tejera a varios metros del arco picapiedra por la izquierda, cobró tiro libre para Peñarol el cual se acercó Lucas Hernández para ejecutar. Allí se llevó a cabo una jugada preparada, colocando en el área a Cristian Rodríguez, Ramón Arias y Fabricio Formiliano, mientras que Agustín Canobbio se posicionó en la medialuna al área de Rampla Juniors. Iniciada la carrera de Lucas Hernández para patear el tiro libre, Cristian Rodríguez volcado a la izquierda del punto penal y Ramón Arias junto con Fabricio Formiliano, volcados hacia la derecha, comenzaron a correr hacia el costado dejando libre el espacio en frente al arco para el cual Agustín Canobbio se desmarcó para correr y buscar el centro.

El balón que debía llegar a la cabeza del jugador carbonero, quedó centímetros atrás de lo esperado, lo cual no fue impedimento para el joven jugador que realizó una acrobacia para conectar la pelota con el taco de su pie izquierdo, enviando el balón al palo del guardameta convirtiendo el mejor gol del año. Además de ser el mejor del año, fue muy especial para el jugador ya que significó su primera anotación en el Estadio Campeón del Siglo.