Luego de la eliminación de Fénix en Copa Sudamericana, Agustín Canobbio dejó Capurro y se integró nuevamente a Peñarol. Reglamentariamente quedará inscripto para la fase de grupos de la Copa Sudamericana.

Tras un comienzo muy bueno en su primer pasaje por el Carbonero, con títulos incluidos, el volante mostró algunos altibajos sobre el final, pero igualmente se le dio un voto de confianza y se le renovó el contrato. En su segunda temporada, el nivel fue muy irregular, hecho que determinó la no renovación de su vínculo. En Fénix, pareció haber recuperado su nivel, y fue el disparador para su contratación.

En Peñarol jugó 79 partidos, anotó 5 goles y aportó 7 asistencias. Además obtuvo la Supercopa 2018, el Clausura 2018, el Campeonato Uruguayo 2018 y el Apertura 2019. A nivel individual, fue nombrado joven talento del mes de marzo 2018 (Premio AUF) y autor del mejor gol del año 2018 (Premio AUF), de taco ante Rampla Juniors.

Con la selección uruguaya es Campeón Sudamericano 2017 y mundialista juvenil.

En su cuenta oficial de Twitter escribió este mensaje:

Hoy vuelvo nuevamente a Peñarol. Le agradezco a la institución por confiar en mí nuevamente y darme una nueva oportunidad. El compromiso es darlo todo por el club, con mucho trabajo y seriedad. Feliz de volver a defender estos hermosos colores 🤩